Intelligent design passerer Dawkins testen
Casey Luskin, 15.mai 2023 Oversatt herfra.
(Understreking og kursiv ved oversetter)

Richard Dawkins er kjent som evolusjonsbiolog og som en aggressiv talsmann for ateisme. Han har kommet med noen sterke uttalelser om ikke-eksistensen av en designer bak livet, inkludert i sin bestselgende bok The God Delusion. I lys av hans posisjon er her et spørsmål noen burde stille ham. Forskere jobber ofte ved å komme med spådommer. Når bevis kommer inn, kan spådommen vises å være sann eller usann. Dette kan ha alvorlige konsekvenser. For hans del har Dawkins gjentatte ganger beskrevet en test som han på det tidspunktet trodde beviste evolusjon. Nå, men under hensyntagen til å akkumulere vitenskapelige bevis, krever den samme testen en konklusjon av intelligent design (ID). Vil han godta den konklusjonen og komme ut som en ID -talsmann?

Bilde 1. Dawkins tror på trær

Testen som Dawkins har formulert går slik: Han sier at hvis darwinsk evolusjon er riktig, vil hvert gen i en gruppe organismer gi "omtrent det samme livstreet." Hvis ID er riktig, kunne designeren derimot ha "utpekt og valgt" de "beste proteinene for jobben" i hver organisme. I så fall, sier han, ville ikke gener gi det samme treet av genetiske likheter.
Dawkins tilbød denne testen i sin bok fra 2009, The Greatest Show on Earth: The Evidence for Evolution. Han beskrev det som "ekstremt kraftig bevis for evolusjon." På den tiden trodde han tilsynelatende at hvert gen virkelig ga omtrent det samme treet. Han skrev:
Sammenlignende DNA (eller protein) bevis kan brukes til å bestemme - om den evolusjonære antagelsen - hvilke par av dyr er nærmere søskenbarn enn andre. Det som gjør dette til ekstremt kraftige bevis for evolusjon, er at du kan konstruere et tre av genetiske likheter separat for hvert gen etter tur. Og det viktige resultatet er at hvert gen leverer omtrent det samme treet i livet. Nok en gang er dette akkurat det du kan forvente hvis du hadde å gjøre med et ekte slektstre. Det er ikke det du kan forvente hvis en designer hadde kartlagt hele dyreriket og upektt og valgt - eller "lånt" - de beste proteinene for jobben, uansett hvor i dyreriket de måtte bli funnet. s. 321-322

Bilde 2. Dawkins liker å dosere

Han har sagt det andre ganger
Det er ikke den eneste gangen Dawkins har gjort denne spådommen. Han sa det i et intervju gitt i 2009:
Det mest overbevisende faktum eller observasjon du kan peke på ville være mønsteret av likheter som du ser når du sammenligner genene ... av alle par dyr du liker ... og deretter plotte ut likhetene og de danner et perfekt hierarki, et perfekt familie tre. Og det eneste alternativet til at det er et slektstre, er at den intelligente designeren bevisst satte seg for å lure oss på den mest underfundige og uekte måten.
Han sa det igjen i et intervju fra 2010:
Du får det samme slektstreet. Du får også det samme slektstreet hvis du tar gener som ikke lenger er funksjonelle, som bare er vestigiale, de gjør ikke noe. ... Dette er overveldende sterke bevis. Den eneste måten du kan komme ut av å si at det beviser at evolusjonen er sant, er ved å si at den intelligente designeren, Gud, bevisst tar seg fore å lyve for oss, bevisst har tenkt å lure oss.
Det er en enkel test. Dawkins setter opp to konkurrerende spådommer: en for evolusjon og en for intelligent design. Han hevder at evolusjonen spår "perfekt" kongruens mellom forskjellige representasjoner av livets tre - bevis som er så "mektig" at han mener det "beviser at evolusjonen er sant." På den annen side gir han inkongruens eller konflikter mellom forskjellige genbaserte trær som en prediksjon av "alternativet" til evolusjonen, nemlig intelligent design.

Hva viser dataene?
Nå, år senere, har forskere sekvensert et stort antall hele genomer. Og som en konsekvens vet de at Dawkins tok feil. Hvert gen leverer ikke "omtrent det samme livets tre."
Dette er et spørsmål som jeg og andre har skrevet om før, men jeg tenkte på det igjen nylig da jeg så det første forelesning av en professor i evolusjonær genomikk ved Queen Mary University of London. Foredraget er spennende titulert "Livets trær -eksisterer de?"

Bilde 3. Livets tre -tegning i Origin

Video med Buggs -lenke ;

Professoren, Dr. Richard Buggs, nevner at forskere som driver med fylogenetiske studier normalt antar eksistensen av Darwins livets tre. Det er ganske sjelden i litteraturen å finne noen som faktisk søker å bevise dets eksistens. Han peker på Dawkins uttalelser i det største showet på jorden som et av disse sjeldne eksemplene, sammen med en naturartikkel publisert i 1982 som Dawkins refererer til. I forelesningen siterer Buggs Dawkins, som sier "hvert gen leverer omtrent det samme treet i livet." Buggs kommenterer deretter:
Mange av dere som jobber, som meg, med sekvensdata hver dag, ble sannsynligvis litt forlegne, når du hørte meg lese det fordi, du vet, det er faktisk ikke tilfelle.
Faktisk førte Buggs egen forskning til en artikkel han medforfatter av Nature Ecology & Evolution-"Konvergent molekylær evolusjon blant ask-arter, som er resistente mot smaragd askeborer"-lenke; der forskjellige gener førte til vidt forskjellige gentrær blant nært beslektede arter av asketrær . I foredraget hans bemerker han at ja, artikkelen produserte et "konsensus" -tre, men det betyr ikke at genene ga det samme treet. I stedet var det "det beste treet vi kunne få ut av alle de veldig divergerende gentrærne."

Dette eksemplet kan bli avskjediget av Dawkins fordi det bare ser på arter i en slekt, og arten kan fremdeles være i stand til å krysse med hverandre. Men Buggs påpeker at forskjellige gener viser seg å gi forskjellige trær, selv når arten som studeres er veldig forskjellige. Han gir eksemplet på en artikkel som studerte forholdene til Eudicots (en gruppe blomsterplanter som har to frøblader). Dette trenger dypt inn i livets tre. Han viser et diagram fra artikkelen som avslører "uoverensstemmelsen" av forskjellige genbaserte trær:

Bilde 4. 763 gentrær

Dr. Buggs kommenterer deretter:
Så ifølge Richard Dawkins test av det darwinske livets tre, har vi ikke mye støtte for det, ikke sant? Det ser mer ut som hypotesen han stilte opp for en intelligent designer.
På sine egne premisser, har Dawkins -testen for evolusjon, kommet opp med ID.
Så hvor står Richard Dawkins nå i denne saken? Tror han fortsatt at dette er en kraftig test for ID kontra Darwinistisk evolusjon? Vil han forlate testen, eller blir han nå overtalt av ID? Eller har han nå ombestemt seg om hvordan evolusjonen fungerer?

Mange andre nylige artikler
Det er ikke bare Dr. Buggs som sier dette. Det er mange andre eksempler fra andre nylig publiserte artikler, som viser inkongruens blant livets trær (alle vektlegginger lagt til):
Dominik Schrempf og Gergely Szöllősi (2020). Kildene til fylogenetiske konflikter. I Scornavacca, C., Delsuc, F. og Galtier, N., redaktører, fylogenetikk i Genomic Era, kapittel nr. 3.1, s. 3.1: 103.1: 23 (2021).
Denne artikkelen finner at et "motstridende fylogenetisk signal mellom gener er vanlig."

Richard H. Adams, Todd A. Castoe, og Michael Degiorgio, "Phylowga: Kromosom-klar fylogenetisk avhør av hele genomjusteringer," Bioinformatics, 37 (13), 1923-1925 (2021).
Denne artikkelen sier: "En øyeblikkelig utfordring er å adressere den gjennomgripende fylogenetiske konflikten som er observert i hele genomdata."
Caroline Parins-Fukuchia, Gregory W. Stull og Stephen A. Smith, "Fylogenomisk konflikt sammenfaller med rask morfologisk innovasjon," Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 118, nr. 19: E2023058118 (2021).

Denne artikkelen bemerker at "fylogenomisk konflikt, der gentrær er uenige om arters treoppløsning, er vanlig på tvers av genomer og gjennom livets tre."
Gonzalo Giribet, "Genomics and the Animal Tree of Life: Conflicts and Future Prospects," Zoologica Scripta, 45: S1, s. 14-21 (2016).
Tilsvarende sier denne artikkelen: "En ny gutt på blokka", fylogenomikk, legger til en annen type kontrovers som aldri tidligere sett i molekylær fylogenetikk: Sterkt støttede motstridende resultater."

Nosenko et al., "Dyp metazoansk fylogeni: Når forskjellige gener forteller forskjellige historier," Molecular Phylogenetics and Evolution, 67: 223-233 (2013).
Denne artikkelen undersøker relasjoner dyr i mellom, og finner mange eksempler på konflikter.
For å avdekke årsakene til mønstrene av ekstreme uoverensstemmelser ved roten til det metazoanske livets tre, konstruerte vi en ny supermatrise som inneholder 122 gener, beriket med ikke-bilateriske taxa. Ulike genmatriser forteller forskjellige historier ... Mangelen på oppløsning for de dype nodene i dette treet, gjenspeiler store konflikter mellom de tidligere publiserte metazoan-fylogeniene ... Den best passende modellen forlot de relative posisjonene til bilateria, coelenterata og placozoa-porifera klades uavgjort . … De flere motstridende metazoanske fylogeniene som presenteres her og i tidligere publikasjoner har en funksjon til felles: De har lange terminale og korte interne grener. ... For å oppsummere, genererte denne studien tre inkongruente, men likevel sterkt støttede tretopologier ...

Bilde 5. Forsøk på fylogenetisk tre -pattedyr

Reddy et al., "Hvorfor gir fylogenomiske datasett motstridende trær? Datatype påvirker avian-treet i livet mer enn taxon-prøvetaking, "Systematic Biology, 66 (4): 857-879 (2017).
Denne artikkelen bemerker også at forskere håpet at de ved å ta prøver av store datamengder, ville løse konflikter mellom trær. Men håpet forsvant, spesielt i klassen av fugler:
Fylogenomikk, bruk av store datamatriser i fylogenetiske analyser, har blitt sett på som den endelige løsningen på problemet med å løse vanskelige noder i livets tre. Imidlertid har det blitt klart at analyser av disse store genomiske datasettene også kan føre til konflikt i estimater av fylogeni. ... Fylogenomikk virket klar til å oppfylle dette løftet om å løse livets tre. Imidlertid har analyser av store datamatriser noen ganger gitt inkongruente topologier, og understreket at datainnsamling alene, ikke er tilstrekkelig til å nå dette målet.
Cédric Blais og John M. Archibald, The Past, Present and Future of the Tree of Life," Current Biology, 31: R311-R329 (2021).

Denne gjennomgangen av debatten mellom talsmenn for og kritikere av "Tree of Life" -hypotesen erkjenner hvor ofte genbaserte trær kan komme i konflikt, selv om den postulerer at noe vertikalt signal om nedstigning fremdeles er til stede, selv om det er tilslørt av prosesser som horisontal genoverføring:
For rundt tjue år siden ble grunnlaget for livets tre rystet av erkjennelsen av at prokaryote genomer består av gener med forskjellige evolusjonshistorier. … Den påfølgende eksplosjonen av hel-genomsekvensering på slutten av 1990-tallet, og økningen av komparativ genomikk ble forventet å validere og styrke Woese's Tree. Disse håpene var kortvarige. Filogenetikk viste snart at forskjellige gener i samme genom kunne gi veldig forskjellige tretopologier, og til og med nær beslektede organismer ble funnet å avvike vesentlig i geninnhold. En ny evolusjonær kraft ble påberopt: lateral genoverføring, utveksling av genetisk materiale mellom forskjellige arter. ...

Å løse et statistisk livs tre som forener alle eksisterende arter kan fremdeles være mulig, i motsetning til forventningen om at bare lokaliserte tremønstre vil overleve gjennomgripende lateral genoverføring. Men det tilsvarer ikke lenger en fullstendig, altomfattende representasjon av den genetiske historien til organismer, da den ikke følger noe enkelt gens historie. Hvis livets tre fremdeles står, skjer det det i kvalifisert forstand. ... Den fortsatte bruken av livets tre for klassifisering er dermed like mye en refleksjon av dens praktiske bekvemmelighet og historiske og kulturelle treghet, som det er en forpliktelse til naturlig klassifisering.
trekke ut fylogenetisk signal fra genomiske data kan være vanskelig, og mye av bevisene for eldgamle forhold er i beste fall uoverensstemmende. Fylogenetiske metoder designet for å bygge et tre, vil gjøre det, enten det passer best med de underliggende dataene, eller ikke. Nettverk, på sin side, fanger derimot uoverensstemmelser i genomiske data uten å pålegge en tolkning.

Juli Berwald, "Hvorfor evolusjon ikke er et livets tre, men et uklart nettverk," Aeon (2022).
Denne artikkelen siterer genetikeren Rasmus Nielsen fra UC Berkeley: "Den hele abstraksjonen av evolusjonen som et tre, visste vi alltid var litt utilstrekkelig ... men nå vet vi at det virkelig er utilstrekkelig."
Nielsen fortsatte: "Jeg tror den prosessen med å splitte og slå sammen igjen, og få litt DNA fra her og der, det skjer hele tiden, i hele livets tre, 'sa Nielsen. ‘Og det endrer virkelig hvordan vi tenker på det, at det virkelig er et nettverk av liv, ikke et livets tre.’ "

Artikkelen beskriver således livets historie som et retikulert mønster, snarere enn et tre: "Hypotesen om retikulert evolusjon er at arter ikke er like isolert fra hverandre, som Haeckels forgrenede trær foreslår. I stedet både avviker arter og smelter sammen. Livets tre ser ikke ut som et tre så mye som det retikulerte mønsteret i en Pythons skinn. "
Dette fenomenet av gener som vises på steder som ikke er forventet av tradisjonell vertikal vanlig avstamning, finnes veldig ofte, for "rovende gener er funnet i hver gren av livets tre, der genetikere har sett." Artikkelen spør "Hvis arter ikke hviler pent på endene av tregrener, hva betyr det da for Haeckels modell av det evolusjonære treet? Bør vi kaste det ut? "
En artikkel undersøkte studier av fiske-relasjoner og fant: "I lang tid forundret genetikere, som studerte denne store gruppen seg, over dens evolusjonshistorie, med forskjellige studier som fant forskjellige forhold, som så ut til å komme i konflikt med hverandre."
Artikkelen lukkes ved å forklare at fine, pene evolusjonstrær ikke er nøyaktige: "Jeg ser for meg å ha sjansen til å snakke med elevene mine igjen. Jeg ville plassere Haeckels tre på skjermen og fortelle dem at det er en anakronisme. "

Testing av testen
Jeg kan ikke konkludere før jeg bemerker gyldigheten av Dawkins test for intelligent design. På noen måter er den tvilsom, men på andre måter gir den en mening. Han har sannsynligvis rett i at "perfekt" kongruens blant trær ikke er best forklart med intelligent design. Men ID som en vitenskapelig teori hevder ikke at alt må være et resultat av design. Tross alt er det meste en perfekte fylogenetiske kongruensen ville demonstrert, felles avstamning - en idé som er akseptert av noen talsmenn for intelligent design, fordi den originale designen kunne ha vært lokalisert i den felles stamfaren!

Bilde 6. Konsekvenser av alternative syn

Dawkins vil også ta feil i å hevde at enhver grad av tre -fordeling av gener tilbakeviser intelligent design. Dette er fordi utformede strukturer er lastet med funksjoner, og funksjonelle komponenter er ofte avhengige av og samhandler med andre funksjonelle komponenter på logiske, funksjonelt nødvendige måter. Dette kan føre til ikke-tilfeldige korrelasjoner og hierarkiske fordelinger av egenskaper-dvs. design kan gi deg litt tre-struktur i et datasett!
Når du for eksempel finner knapper på en skjorte, vil du også finne knapphull. Når du finner et hjul på et kjøretøy, vil du nesten alltid finne en aksel også. Disse korrelasjonene kan føre til en trelik fordeling av egenskaper. Fysiker Brian Miller forklarer dette konseptet i et nylig bind, Vitenskap og tro i dialog -lenke:

-Designarkitekturer faller ofte i et hierarkisk mønster. Alle transportkjøretøyer har visse vanlige funksjoner som tildelt plass til last og eller passasjerer, fremdriftssystem og styring. Biler har alle disse funksjonene pluss slike komponenter som hjul, pauser, kjølevæsker, smøremidler og aksler. Toyota Camry -modeller har alle disse funksjonene pluss flere spesialiserte komponenter. Likhetene i transportkjøretøyer vil sannsynligvis passe inn i et konstruert tre, i det minste like bra som forskjellige grupper av arter.
Det er utvilsomt mange analoge korrelasjoner mellom biologiske egenskaper - noe som fører til en viss tre -struktur til et datasett. For eksempel vil gener for nese hos pattedyr sannsynligvis også bli funnet med gener for nesehår. Og gener for tær i terrestriske tetrapoder korrelerer ofte med gener for tånegler! Men intelligente agenter er ikke tvunget til å distribuere egenskaper som regel i henhold til et nestet hierarki. Som Dr. Miller forklarer, er det en rimelig forventning om design:
-Mens mange funksjoner i menneskelige produkter passer inn i et hierarkisk trelignende mønster, bryter mange det mønsteret. En politibil og et fly har begge toveis radioer mens toveis radioer er fraværende i de fleste andre biler. I tillegg implementeres de samme kretsløpene i et bredt utvalg av kjøretøy for å oppfylle lignende mål. Dette mønsteret gjenspeiler hvordan ingeniører ofte lager moduler som kan brukes i forskjellige sammenhenger. Modulene må utformes med eksplisitt hensikt å operere i forskjellige produkter, og produktene som bruker modulene må utformes for å innlemme dem riktig i driften. Det samme mønsteret og begrensningene blir observert i livet.

Kybernetiker Winston Ewert utvikler til og med en modell for å forstå "vanlig design" gjennom avhengighetsgrafer. Lenke.

Bilde 7. Ewerts modell for samme pattedyr-graf (sml. Bilde 4)

En ytterligere merknad: I intervjuet i 2009 refererer Dawkins til "gener som ikke lenger er funksjonelle", aka såkalte pseudogener. Han argumenterer for at dette tilbakeviser intelligent design fordi ingen designer ville sette identiske ikke-funksjonelle gener på de samme stedene av genomene til forskjellige arter. Men dette er et svakt argument, gitt at så mange pseudogener nå er kjent for å ha funksjon. Delte pseudogener som virkelig er ikke -funksjonelle, er sannsynligvis bedre forklart av felles aner enn av vanlig design. Når det er sagt, selv om de ikke er funksjonelle i dag, er det mulig at slike pseudogener opprinnelig var designet for å være funksjonelle, men funksjonene deres forringet seg over tid, slik at de ikke lenger er funksjonelle. "

Dette er igjen der design og felles aner kan krysse: delte pseudogener - om virkelig ikke -funksjonell - kan ha blitt opprinnelig designet som funksjonelle, men de ville mest sannsynlig blitt designet i den vanlige stamfaren i stedet for designet i arter separat. Dawkins poeng om pseudogener er ikke en test av design i stor skala, men bare en test av separat, men allikevel vanlig design, sammenlignet med felles aner (som fremdeles potensielt kan involvere design).

Hva vil Richard Dawkins si nå?

Bilde 8. Konsekvens av Dawkins syn

Uansett er det sant at artiklene jeg (Luskin) siterte ovenfor, ikke er skrevet for å støtte opp under intelligent design. Imidlertid stadfester de de hyppige konfliktene mellom fylogenetiske trær, og de bekrefter ikke-trelike data blant ulike gener og ulike arter.
Denne konklusjonen kommer ikke bare fra gamle artikler eller artikler som studerer endene på livets tre, men fra nyere studier som ser på viktige aspekter av det treet, for eksempel grunnleggende dyr eller plante- eller mikroorganismelle forhold. Og denne hyppige diskrepansen eller uoverensstemmelsen mellom fylogenetiske trær, er nøyaktig hva Dawkins sier er varslet av intelligent design.

Dawkins har satt opp en test for darwinsk evolusjon kontra intelligent design. Han trenger å leve med sine egne gjentatte uttalelser. Vil han innrømme at spådommen hans har mislyktes for evolusjon, men lyktes for intelligent design?